Музей Миколаївського зоопарку виріс із речей і природничих матеріалів, що накопичувалися в різних його підрозділах. Перша експозиція відкрилася 1988 року в кімнаті побутового корпусу. Відтоді музей дає змогу побачити історію установи поруч із живою колекцією тварин, але іншою мовою — через документи, пам’ятні предмети та наукові зібрання.
Люди та пам’ять зоопарку
Центральне місце займає портрет засновника Миколи Леонтовича. Поряд зберігається альбом фотографій, зроблених його старшим сином Олександром у 1920-х роках, а також історичні фото й родинні речі, передані нащадками. Окрема вітрина присвячена директору Федору Нічикову, який очолював зоопарк у 1935–1967 роках, та зоотехніку Людмилі Нічиковій. Серед документів є квитки періоду нацистської окупації 1941–1944 років і книга відгуків 1937–1952 років.
Від моделі до природничих колекцій
У центрі зали стоїть макет нового зоопарку, виготовлений 1989 року. Він зберігає образ майбутнього, яким його уявляли наприкінці ХХ століття. Поруч музей збирає колекцію черепів тварин — від ласки до індійського слона. Переважно це тварини, що жили в зоопарку; зібрання має освітнє й наукове значення.
Ще один шар експозиції — «мокрі» препарати, частина яких була створена до війни, та путівники по зоопарках світу 1920–1930-х років. Так музей поєднує інституційну пам’ять, матеріали про людей і природничі об’єкти в одну самостійну історію.
Серед експонатів є раковини тридакн, старі акваріуми на чавунних підставах, колекція путівників по зоопарках світу та вітрина, присвячена ветеранам зоопарку. Вони показують, що музей зберігає не лише окремі знахідки, а й різні способи описати життя установи у часі. Поруч з особистими речами ці предмети створюють багатоголосий портрет зоопарку.
У вітрині ветеранів збережено фотографії та почесні грамоти працівників.